90. roky boli rokmi významných spoločensko-politických zmien. Odzrkadlilo sa to aj v živote našej školy. V dôsledku odchodu gymnázia do nových priestorov zaniklo dvojsmenné vyučovanie. Na škole bola vybudovaná nová strecha. Škola bola napojená na teplovodný kanál a tým sa zlikvidovala školská kotolňa. Boli zrekonštruované učebne fyziky a chémie.
K zmenám dochádzalo aj vo vedení školy. V roku 1991 sa riaditeľom školy stal Mgr. Anatol Gojdič , v roku 1993 ho vystriedal Mgr. Milan Bajaj a v roku 1998 sa riaditeľom školy stal Mgr. Alexander Franko.
V tom období sa začala družba so Základnou školou a Gymnáziom Petra Kuzmiaka v Ruskom Keresture, v Srbsku.
V roku 1996 vznikol okres Medzilaborce a naša škola prešla pod správu jeho Okresného úradu.
Pekným darčekom k 35. výročiu vzniku našej školy bol zrod školského časopisu Komenského kamarát, ktorý vychádza dodnes.